結論から先に言うと–unsafe-permというオプションを付ければよいようだ。
npmでインストールするときにソースコードのコンパイルが行われるようなモジュールの場合、rootで実行していると以下のようなエラーがでることがある。rootなのにアクセス権限がないとはどういうことだと思うが、きっとrootでnpmを使うのがよくないと考えてチェックしているのだろう。
gyp WARN EACCES user "root" does not have permission to access the dev dir
以下のようにnpmを実行すれば回避できた。
npm install --unsafe-perm hogehoge